Ninja Rùa - Teenage Mutant Ninja Turtles xoay quanh câu chuyện về những chú rùa tuổi teen Leonardo, Michelangelo, Donatello và Raphael, sau khi bị con người thực hiện thí nghiệp thất bại, khiến bốn chú rùa bỗng nhiên đi đứng và hoạt động giống con người, nhưng vì sợ mọi người tưởng họ là quái vật nên đành phải sống dưới cống rãnh. Tại đây bọn họ đã gặp được người thầy Splinter, cùng nhau huấn luyện võ thuật, học tập, dần dần đến khi bốn chú rùa trưởng thành. Quay trở lại mặt đất và trở thành những Ninja Rùa trừ bạo. Lúc này, Shredder xấu xa cùng với những tay sai của hắn đang tàn phá mọi thứ trong thành phố. Những chú Ninja Rùa cùng với sự giúp đỡ của cô nàng phó viên gan dạ April O Neil lên đường giải cứu New York.