Sát Thủ Aeon - Aeon Flux trong tương lai 400 năm nữa, dịch bệnh đã xóa sổ phần lớn dân số thế giới, ngoại trừ một thành phố có tường bao quanh, Bregna, được cai trị bởi một đại hội các nhà khoa học. Khi Æon Flux, đặc vụ hàng đầu trong cuộc nổi dậy 'Monican' ngầm, được cử đi làm nhiệm vụ giết một thủ lĩnh chính phủ, cô đã khám phá ra một thế giới bí mật.